Особливістю середньовічних поглядів на природу і людину служить прояв божества. Тому світ, створений богом, для середньовічної людини представлявся реальним, а земний - тимчасовим і непізнаваним. Це середньовічне свідомість іноді вступало в протиріччя з людським досвідом і практикою, про що свого часу говорили гіппократіков і античні вчені. Наприклад, в XIII столітті Роджер Бекон виступив проти схоластики і віри в авторитет церкви. Він багато зробив у різних галузях знань і навіть випередив час своїми ідеями.

Ідеї ​​Р. Бекона не могли справити істотного впливу на сучасників, так як його праці були опубліковані тільки в 1733 р. Проте вони свідчать про те, що, незважаючи на бузувірства церковників, вже в XIII столітті виникали проблиски ідей на матеріалістичної основі, які ще не змогли сформуватися і виділитися з цілісного релігійно-філософського спотвореного сприйняття світу того часу. Бекон довгі роки знаходився в темниці, його життя було трагедією і одночасно науковим подвигом.

Поборником експериментального методу науки був англійський філософ, засновник матеріалізму нового часу Френсіс Бекон (1561-1626).

«Справжній родоначальник англійського матеріалізму і всієї сучасної експериментує науки - це Бекон», - писали Маркс і Енгельс1. Ф. Бекон підкреслював, що «Метою нашого суспільства є пізнання причин і прихованих сил усіх речей і розширення влади людини над природою, доки все не стане для нього можливим». Бекон повставав проти схоластики і забобонів. В основу пізнання природи повинні лягти експеримент, досвід, індукція і аналіз. Такі думки в період середньовіччя були вельми прогресивними і викликали обурення церкви.

У X - XI століттях відомості з медицини та біології відбивалися у творах типу «Фізіолога», «Бестіарія», що містять навіть не відомості з античної медицині, а описи і вигадки біблійних сказань. У X-XI століттях ці книги були переведені на слов'янську мову в Болгарії, а потім поширилися і на Русі. Не було нових даних у порівнянні з подібними творами і в рукописному творі слов'янською мовою під назвою «Шестиднев», викладає біблійну легенду про 6 днями творення світу. Деякі відомості з медицини містилися в «Повчанні Володимира Мономаха» (XI століття). Візантійська культура і православна церква сприяли поширенню на Русі античної науки. Монастирі як центри релігії стали місцем формування емпіричної науки, в тому числі і медицини. Медичні знання того часу були викладені в рукописі Кирила «Арістотелеві проблеми», «Галиново на Ііппократа».

У той час як у Європі дозрівало феодальне суспільство, яке гальмувало розвиток науки, на мусульманському Сході наука розвивалася більш вільно. У VII-VIII століттях араби вторглися до Європи, і праці вчених Давньої Греції та Риму були переведені на перську мову, що мало великий вплив на розвиток науки та культури народів Сходу. Одним з великих представників вчених Сходу є Абу-алі Ібн-Сіна (Авіценна) (980-1037). Ним написано понад 100 творів з літератури, астрономії, медицині. Серед них заслуговують на увагу «Канон медицини», «Книга зцілень». Вчені Сході не збагатили анатомію, так як вважали, що «... прихильник ісламу після смерті повинен постати на суд, який чинять над ним двома призначеними для цього ангелами, і при цьому ніщо в його тілі не повинно бути відсутнім »(І. Гіртль).

У період середньовіччя вивчення анатомії практично припинилося, що позначилося на кваліфікації лікарів. Невігластво їх настільки зросло, що в 1224 р. король Фрідріх II і громадськість міста Салерно звернулися до церкви з проханням дозволити лікарям вивчати анатомію. Після цього було дозволено розкривати один труп кожні 5 років.

Одним із перших зробив деякі відступи від анатомії Галена професор Болонського університету Мондінус (1275-1327), популярний лектор і вчений свого часу. Йому вдавалося таємно розкривати трупи людей і тварин. Праця Мондінуса «Анатомія» протягом двох століть перевидавався 25 разів. Він зробив спробу внести деякі уточнення з анатомії, але в цілому його праця була тільки доповненням до анатомії Галена. Наприклад, Мондінус писав: «Випари повинні вільно виділятися з мозку через шви Череп кісток, основна кістка повинна бути твердою, щоб не загнивати від надлишку вологи, її смачивающей, носові кістки повинні бути порізно, щоб запах досягав до мозку ...».