Аномалії клапанів — здебільшого є складовими компонентами складних уроджених пороків серця. Дірчасті клапани, клапани з кишенями, а також збільшення та зменшення кількості отворів клапанів не супроводжуються порушеннями гемодинаміки. Найчастіше спостерігається аплазія отворів півмісячних клапанів, особливо аорти.