Мікрофлора - це вся сукупність, система мікроорганізмів, проводить свій життєвий цикл у певному середовищі. Виділяють мікрофлору води, грунту, повітря, людини, тварин і рослин.

Нормальна мікрофлора людини являє собою сукупність біоценозів, проживає в тій або іншій системі організму. Так виділяють мікрофлору шкіри, верхніх дихальних шляхів, травного тракту і т.д.

Організм людини і його мікрофлора є єдиною екологічною системою, що знаходиться в динамічній рівновазі. У кожному біотопі виділяють облігатні види мікроорганізмів, які є

обов'язковим компонентом мікробіоценозу, і факультативні види, що часто зустрічаються, але не мають стійких якісних і кількісних характеристик.

Мікрофлора людини виконує безліч функцій. Вона сприяє продукції ферментів і полегшує травлення. Бере участь у водно-сольовому обміні. Виконує імуногенну функцію. Сприяє виробленню біологічно активних речовин (вітаміни, гормоноподібні речовини). Доведена здатність мікрофлори знижувати ризик розвитку пухлинних захворювань. Крім того, нормальна мікрофлора біотопу (шкіри, кишечника, дихальних шляхів) підвищує стійкість організму до патогенних мікроорганізмів.

Склад мікрофлори різних органів має суттєві відмінності:

1. Шкіра.

Основні представники мікрофлори шкіри: цвілеві гриби, спороутворюючі бацили, епідермальні стафілококи, мікрококи, стрептококи, дріжджоподібні гриби.

2. Верхні дихальні шляхи.

Тут можуть жити бактеройды, лактобактерії, стептококки, епідермальний стафілокок, пептококи, пептосрептококки і т.д. Нижні дихальні шляхи практично стерильні.

3. Травний тракт.

У ротовій порожнині переважають анаероби. Основні представники мікрофлори: бактеройды, лактобактерії, нейсерии, актиноміцети, біфідобактерії, еубактерії, фузобактерії та ін Виявляються гриби Candida, найпростіші (Entamaeba gingivalis). Стравохід і шлунок практично позбавлені мікрофлори. Мікрофлора дуже різноманітна. Кількість зустрічаються видів може досягати 500. Основними мешканцями кишечника є біфідобактерії, лактобактерії, бактеройды, кишкова паличка, стрептококи, фузобактерії, клостридії, еубактерії, пропіонобактеріі, ентеробактерії, гриби роду Candida.

Кількість бактерій в одному грамі грунту може досягати десяти мільярдів мікроорганізмів. Вони беруть участь у ґрунтоутворенні та самоочищення грунту, колообігу вуглецю, азоту і ряду інших мікроелементів. Мікрофлора ґрунту може утворювати симбіоз з іншими видами організмів, наприклад ціанобактерії тісно взаємодіють з грибами. 

На поверхні ґрунту мікроорганізмів порівняно мало з-за згубної дії ультрафіолету, перепадів вологості і ряду інших факторів. Найбільша щільність мікрофлори знаходиться на глибині до 15-20 сантиметрів (орний шар ґрунту). По мірі поглиблення кількість мікроорганізмів поступово зменшується до нуля (на глибині чотирьох метрів).

Склад мікрофлори ґрунту залежить від її типу і стану, складу рослинності, вологості, середньої температури.

Найбільш частими є представниками спороутворюючі палички (Bacillus, Clostridium), непатогенні бацили (Bac. megaterium, Bac. subtilis), протеї, азотофиксирующие бактерії (Azotobacter, Azomonas), ціанобактерії. Кількість найпростіших у ґрунті коливається до 500 тисяч на один грам грунту. Харчуючись бактеріями і органічними залишками, найпростіші викликають зміни у складі органічних речовин ґрунту. Також до мікрофлори ґрунту належать гриби.

У воді живе мікрофлора, представники якої адаптовані до умов місцезнаходження, тобто освітленості, насиченості киснем і вуглекислим газом, вмісту поживних речовин і т.д.

У прісних водоймах знаходяться різні бактерії: паличкоподібні (псевдомонади, аеромонади), кокковидные (мікрококи), ниткоподібні (актиноміцети). У верхніх шарах води переважають аеробні мікроорганізми, в нижніх шарах і на дні аероби. Вода - фактор передачі збудників багатьох інфекційних захворювань. Разом із забрудненими зливовими та стічними водами в природні джерело можуть потрапити представники патогенної мікрофлори людини і тварин (кишкова паличка, збудники дизентерії, холери, лептоспірозу і т.д.).

У воді морів і океанів переважають галофильные (солелюбивые) бактерії, наприклад галофильные вібріони, накопичення яких в морепродуктах здатне викликати харчову токсикоінфекцію людини.

Джерелом мікрофлори повітря є мікрофлора води і грунту. Також сюди здатні потрапляти мікроорганізми людини і тварин. Унікальним складом може володіти мікрофлора закритих приміщень, що визначається частотою провітрювання, якістю і регулярністю прибирання, кількістю людей в приміщенні і багатьма іншими факторами. Більша кількість мікрофлори присутні в повітрі великих міст, меншу в сільській місцевості. Найбільш бідна мікрофлора повітряних просторів над лісами, морями, горами.

Прямі сонячні промені, перепади температури і вологості викликають загибель мікрофлори повітря. Повітряний шлях є провідними при передачі респіраторних інфекцій (повітряно-крапельний або повітряно-пиловий шлях). 

Найчастіше в повітрі виявляють кокковидные і паличкоподібні бактерії, клостридії, гриби, віруси.