Заснований на реєстрації у видихуваному повітрі водню, який утворився в результаті розкладання поживних речовин (наприклад, лактози) бактеріями тонкої кишки. У нормі всі ці речовини метаболізуються в товстій кишці. Натщесерце водень утворюється в товстій кишці в невеликій кількості. Після їжі його кількість зростає в 7-30 разів. Близько 15% утворюється водню всмоктується в кров і виділяється через легені.

Проведення дослідження: Видихуваний водень вимірюють натщесерце і після прийому лактози протягом 3 год з інтервалом у 30 хв. Пацієнт видихає повітря в герметичні пластикові пакети обсягом 0,5 л, потім за допомогою газового аналізатора визначають концентрацію водню.