Медична мікробіологія вивчає біологічні властивості мікроорганізмів, їх систематику, екологію, взаємовідносини з іншими організмами, в першу чергу — патогенез (механізм розвитку) захворювань, що спричиняються мікроорганізмами. Медична мікробіологія розробляє методи мікробіологічної діагностики, специфічної профілактики та етіотропної терапії (тобто спрямованої на причину захворювання, мікроорганізм-збудник).

Власне, медична мікробіологія — це пропедевтика інфекційних захворювань та епідеміології. На кафедрі мікробіології, вірусології та імунології можна одержати повні дані з етіології та початкові — з питань патогенезу, клініки, діагностики, лікування і профілактики інфекційних захворювань.

Під терміном «інфекційні хвороби» розуміють захворювання, спричинені мікроорганізмами, для яких характерна заразливість, здатність передаватись від хворих або носіїв до здорових людей. Інфекційних хворих відокремлюють від хворих на інші захворювання, їх лікують у спеціальних інфекційних лікарнях.

Медична мікробіологія вивчає ще й етіологію хвороб, у патогенезі яких беруть участь мікроорганізми, але які не належать до інфекційних хвороб, а діагностику і лікування яких проводять у терапевтичних, хірургічних, гінекологічних, офтальмологічних, дермато-венерологічних та інших клініках.

Медична мікробіологія — самостійна медична наука, а лікармікробіолог — самостійна лікарська професія. Основне завдання лікаря-мікробіолога — визначення мікробіологічного діагнозу, а його практична робота пов’язана з лабораторною діагностикою. Кожен лікар має знати можливості та обмеження мікробіологічної діагностики, вміти взяти досліджуваний матеріал для мікробіологічного аналізу, прочитати результати досліджень і використати їх у діагностиці, виборі лікування і контролі за ним. Тільки злагоджена спільна робота лікаря-клініциста і лікаря-мікробіолога дає можливість ефективної діагностики і лікування багатьох, у тому числі й неінфекційних захворювань.