Відмінності між зірчастою активністю і неповним розщепленням

Зірчаста активність призводить до появи додаткових смуг ДНК під очікуваними смугами і відсутності будь-яких смуг над самим довгим очікуваним фрагментом ДНК.  Ці смуги стають більш виразними, в той час як очікувані смуги стають менш виразними, якщо час інкубації або збільшити кількість ферменту. 

Неповне розщеплення ДНК призводить до пояалению додаткових смуг, розташованих вище очікуваних фрагментів.  Додаткові смуги зникають, коли час інкубації або кількість ферменту збільшується.  Ніяких додаткових смуг нижче найменшого очікуваного фрагмента не спостерігається. 

Деякі рестриктази (наприклад, Alol, Taul, EcoRII) залишаються пов'язаними з матрицею ДНК після розщеплення і викликають зміни в рухливості продуктів рестрикції під час електрофорезу.  У цих випадках додають ДСН, розчин нагрівають протягом 10 хв при 65 °С і охолоджують на льоду перед завантаженням в гель.