Ендоскопічна рН-метрія проводиться за допомогою спеціального ендоскопічного рН-зонда, введеного через інструментальний канал ендоскопа. Дослідження проводиться під час гастроскопії, подовжуючи звичайну процедуру приблизно на 5 хвилин. За цей час вимірюють кислотність в 9 стандартних точках шлунка та дванадцятипалої кишки під візуальним контролем.

При інтерпретації результатів ендоскопічної рН-метрії необхідно враховувати, що ендоскопічне дослідження саме по собі є чинником, що стимулює кислотоутворення. Тому виміряні величини рН необхідно порівнювати з критеріями для стимульованої секреції. Ендоскопічну рН-метрію проводять за допомогою ацидогастрометра «АГМ-03».