Принцип Компартменталізація клітин еукаріотів постулює, що біохімічні процеси в клітині локалізовані в певних відсіках, вкритих оболонкою з бішару ліпідів. Більшість органоїдів в еукаріотичної клітці є компартментами - мітохондрії, хлоропласти, Пероксисома, лізосоми, ендоплазматичний ретикулум, ядро клітини і апарат Гольджі.
Функції Усередині компартментов, оточених бішару ліпідів, можуть існувати різні значення pH, функціонувати різні ферментативні системи. Принцип Компартменталізація дозволяє клітині виконувати різні метаболічні процеси одночасно. У цитозолі мітохондрій перебуває окислювальна середу, в якій NADH окислюється в NAD. Квінтессенцией принципу Компартменталізація можна вважати апарат Гольджі, в діктіосоми якого працюють різні ферментативні системи, що здійснюють, наприклад, різні стадії посттрансляційної модифікації білків.
Класифікація Класифікують три основні клітинних компартмента: Ядерний компартмент, що містить ядро Простір цистерн ендоплазматичного ретикулуму (перехідне в ядерну ламін) Цитозоль
Прокаріоти У будь-якій клітині існує два генеральних мікрокомпартмента, розділені унітарної мембраною - цитоплазматичний і екзоплазматіческій. Бактерії, що володіють грамнегативних морфотипом, мають ще й третій генеральний мікрокомпартмент - периплазматичному, який розташований між цитоплазматичною мембраною і зовнішньої мембраной.Піневіч А. В. Мікробіологія: Біологія прокаріотів, том I, видавництво СПбГУ, 2006. Іноді спеціалізований мікрокомпартмент розміщується відразу в декількох генеральних компартментах, тобто має змішану локалізацію. Одним із прикладів цього служить ундулоподія.
| 
