Мікроорганізми - це збірне поняття, що включає в себе усі найдрібніші організми, не видимі неозброєним оком.

Мікроогранізми оточували людину з перших днів його існування, але їхнє вивчення стало можливим лише після створення мікроскопа в середині 17 століття (винахідник Антоні ван Левенгук). Наука, що займається вивченням мікроорганізмів, називається мікробіологією. Її основоположниками по праву вважаються Роберт Кох і Луї Пастер.

Надзвичайно малі розміри (менше 1 мм) - це головна ознака, що об'єднує ці класи живих істот. 

В даний час всі мікроорганізми поділяють на 3 царства:

1. Procariotae. До цього царства можна віднести всі види бактерій, рикетсій, хламідій, мікоплазм і т.д. В клітинах є ядро з однією хромосомою. Ядро не відокремлене від цитоплазми клітини. Простий цикл ділення шляхом перетяжки. Є ряд унікальних органел, таких як плазміди, мезосомы. Відсутня здатність до фотосинтезу.

2. Eucariotae. Представниками цього царства є гриби та найпростіші. Клітина містить ядро, відмежоване від цитоплазми мембраною, з кількома хромасомами. Є ряд органел, характерних для вищих тварин: мітохондрії, эндоплазматическую мережа, апарат Гольджи. Деякі представники цього царства мають хлоропласти і здатні до фотосинтезу. Володіють складним життєвим циклом.

3. Vira. До цього царства відносяться віруси. Відмінними рисами віріона є наявність тільки одного типу нуклеїнових кислот: РНК або ДНК, укладеного в капсид. Спільної зовнішньої оболонки у вірусу може не бути. Розмноження вірусу може відбуватися тільки після вбудовування в іншу клітку, де і відбувається реплікація. 

Багато автори не відносять віруси до мікроорганізмів, виділяючи їх в окрему групу живих істот.

Представники різних царств мікроорганізмів мають принципові відмінності в будові і життєвому циклі. Спільними рисами є одноклітинна будова, за винятком деяких представників грибів, величезна поширеність в навколишньому середовищі. Також для них властива велика здатність до адаптації. Так деякі представники архебактерий здатні продовжувати існування при температурі до 300 градусів Цельсія. Виявлені мікроорганізми здатні ділиться при мінус 6 градусів. Ряд мікроорганізмів переносить високі дози радіоактивного випромінювання, багато можуть мешкати в анаеробних (безкислородных) умовах або в кислому середовищі.

Завдяки своєму великому поширенню в навколишньому середовищі мікроорганізми відіграють важливу роль у циркуляції азоту, сірки і ряду інших сполук. Мікроорганізми сприяють процесам гниття і бродіння, здійснюючи таким чином розщеплення білків і вуглеводів.

По відношенню до людини мікроорганізми можуть бути непатогенними (не викликають захворювань), патогенними (здатними викликати інфекційний процес) і умовно-патогенними (інфекційна хвороба виникає при сприятливих для мікроорганізмів умовах, наприклад, при зниженні активності імунної системи).

Взаємовідносини мікроорганізмів і людини лежить у сфері інтересів медичної мікробіології та інфекційних хвороб. В даний час різні види микрооргнаизмов активно використовуються в харчовому виробництві (приготування сирів, вин, кисломолочних продуктів, хлібобулочних виробів тощо), сільському господарстві, фармацевтичної промисловості (наприклад, для отримання антибіотиків). З появою генетично модифікованих мікроорганізмів, які в даний час стало можливим створення в промислових обсягах великої кількості лікарських препаратів, наприклад рекомбінантного людського інсуліну за допомогою спеціального штаму Escherichia coli.