Санітарна мікробіологія вивчає мікрофлору навколишнього середовища (в тому числі патогенні бактерії та віруси), а також процеси, обумовлені її життєдіяльністю, які можуть безпосередньо або побічно спричинювати несприятливий вплив на здоров’я людей та навколишнє середовище.

Вивчення мікрофлори та мікробіологічних процесів у середовищі перебування людини необхідне для гігієнічної оцінки взаємовідношень людини і середовища, яке її оточує. Санітарна мікробіологія розробляє методи контролю за санітарним станом води, повітря, грунту, продуктів харчування та предметів ужитку.